圓二色光譜儀的工作原理是：利用蛋白質的圓二色性及不對稱分子對左右圓偏振光吸收的不同來進行結構分析。蛋白質或多肽中主要的光活性基團是肽鍵、芳香氨基酸殘基及二硫鍵等，當平面圓偏振光的吸收不相同時，會產生吸收差值。由于這種吸收差的存在，造成了偏振光矢量的振幅差，圓偏振光變成了橢圓偏振光，即蛋白質的圓二色性。通過圓二色譜掃描儀，可以在一定程度上分析蛋白質、多肽樣品的二級結構和高級結構。

要測到準確的蛋白質CD譜，要同時看一看吸收譜，吸收值最好在0.5-2.0之間，這是最主要的參照標準，對濃度沒有必然的規定，常見的經驗值為濃度在0.1-1.0 mg/ml 之間， 也可以更低或更高。

圓二色譜分析的供試品，大多數情況下的蛋白質和多肽。蛋白質的精確濃度是計算樣品二級結構的關鍵，一般要求樣品濃度為0.2μg/μl，濃度過高，測試時信號不好，需稀釋，樣品純度要在90%以上，不要添加任何保護劑或其它物質，樣品中應避免含有光吸收的雜質，緩沖劑和溶劑在配制溶液前最好做單獨的檢查，透明性極好的磷酸鹽可用作緩沖體系。

大連華洋分析儀器有限公司主營電化學工作站,微區掃描電化學工作站,多通道電化學工作站,作為較早將圓二色光譜技術引進國內的公司,華洋科儀始終以科學,嚴謹,專業,領先的形象得到國內外廠商以及客戶的大力支持與信賴

圓二色譜在遠紫外區的掃描圖譜，反映的是蛋白質肽鍵的排布信息，計算所得的是蛋白質二級結構比例，即α-螺旋、β-折疊、轉角和不規則卷曲的比例。

圓二色譜在近紫外區的掃描圖譜，反映的是蛋白質側鏈生色基團色氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸等殘基的排布信息和二硫鍵微環境的變化。